Jarðfræði

Berggrunnurinn við Vatnsfjörð tilheyrir berglögum sem mynduðust á mið-miósen eða fyrir um 13 milljónum ára. Ísaldarjökullinn hefur svo mótað landslagið á þessu svæði og víða sjást jökulrákir og eru þær flestar samsíða legu dalanna, hvalbök á víð og dreif sýna skriðstefnur. Yfir firðinum að vestan gnæfa tindar Hornatáa rúmlega 700 m yfir sjávarmáli og oft vísað til þeirra sem kórónu Vatnsfjarðar. Hornatær hafa líklega staðið lengi sem jökulsker í ísaldarjöklinum því hásléttan á svæðinu er að jafnaði um 500 m yfir sjávarmáli.  Af öðrum jökulminjum má nefna hrygginn sem skilur Vatnsdalsvatn frá fjarðarbotninum. Hann er ekki jökulruðningur eins og kann að virðast við fyrstu sýn, heldur berghaft sem jökullinn hefur ekki megnað að sverfa. Berggangar setja nokkurn svip á svæðið og í grennd við þá er gjarnan jarðhiti.

Ummerki eru um hærri sjárvarstöðu í botni Vatnsfjarðar sem var þá um 13-19 m hærri en nú er. Þá hefur Vatnsdalsvatn verið hluti af firðinum en innst í Vatnsdal finnast fornar sjávarfjörur.

Berggangar eða drangar eru meðal annars í ánni Pennu. Þeir eru sprungufyllingar þar sem bráðið berg hefur þrýst út í sprungur í berginu og storknað þar. Yfirleitt eru berggangar yngri en bergið í kring.

Í klettunum á Hörgsnesi er nokkuð um hringlaga göt í berginu. Þetta eru för eftir trjáboli sem myndast hafa við það að glóandi hraun hefur runnið yfir skóglendi í eldsumbrotum. Þá falla trén og safnast í hraunið þar sem þau kolast. Með tímanum hafa leifar trjánna brotnað niður og horfið. Náttúruleg veðrunar- og roföfl eins og frost, vatn og vindur hefur svo brotið niður hraunið í kring þannig að í dag sjáum við trjábolsholurnar. Klettarnir sem eftir standa er harðasta efnið úr gosinu, þar sem það hefur harðnað síðast og undir þrýstingi.

Jarðhiti finnst víða í friðlandinu. Hellulaug er heit laug sem er í fjörunni vestanvert í Vatnsfirði. Hún hefur verið hlaðin upp og gerð aðgengileg fyrir almenning. Upp með Pennu og við Þingmannaá er einnig jarðhiti. Einnig er talið að jarðhita sé að finna innarlega í Vatnsdal, þó nokkru fyrir innan Vatnsdalsvatn.

Vatnsdalsvatn er stærsta vatnið í friðlandinu, um tveir ferkílómetrar. Fleiri vötn eru þar t.d. Helluvatn, Öskjuvatn og Þverdalsvatn. Ár og lækir sem hafa mótað landið er víða að finna í Vatnsfirði og margar leyndar perlur í formi fagurra fossa sem steypast niður kletta og gljúfur.